公司垫付的款项应该计入“其他应收款”科目。当企业为其他单位或个人垫付款项时，这些款项在性质上属于临时性的，需要后期收回，因此在企业的财务处理中，垫支应当作为其他应收款来记录和管理。

具体的会计分录如下：

当母公司代垫款项给子公司时：

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借：其他应收款——代垫子公司款

贷：银行存款

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当子公司需要偿还母公司垫付的款项时：

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借：管理费用——社保、水电费、租金等

贷：其他应付款——应付母公司代垫款

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请根据实际业务情况选择相应的会计科目进行核算