建厂运费通常应计入“在建工程”科目。这是因为运费直接关联到正在建设中的工厂项目，是构成在建工程成本的一部分。具体来说：

当运费用于购买建筑原材料或设备时，应借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”等账户。

如果运费与在建工程无关，例如用于企业的日常运营或其他管理活动，则应计入相应的期间费用科目，如“管理费用”。

请根据您的具体情况选择合适的会计科目进行记录