公司扣费通常应记入以下科目：

财务费用科目

用于记录企业因经济活动中产生的扣款，如违约金、罚款等。

扣款增加了企业的财务负担，减少了现金流或利润。

其他应付款科目

用于记录代扣员工费用，如社保、公积金等。

属于负债科目，反映企业应付给员工的款项。

应交税费科目

用于记录企业应缴纳的税费，如增值税、所得税等。

当税务局扣款时，借记“应交税费”科目，贷记“银行存款”科目。

应付职工薪酬科目

用于记录员工工资中的各项扣款，如迟到、病事假扣款等。

这些扣款可以冲减提取工资的费用。

营业外收入或管理费用科目