工资扣款通常应计入“应付职工薪酬”科目。具体来说，根据扣款的原因和性质，可能涉及以下几个科目：

其他应收款：

如果扣款是代收代缴款项，如社保、公积金等，则可能计入“其他应收款”科目。

营业外收入：

对于因员工违纪等原因的罚款等非常规扣款，可能会计入“营业外收入”科目。

管理费用/营业费用/制造费用：

如果扣款与员工的工作表现或行为有关，如迟到、早退等，可能会计入相关费用科目。

其他应付款：

对于公司代为缴纳的社保和公积金等，可能计入“其他应付款”科目。

应交税费：

涉及个人所得税等税费的扣除，应计入“应交税费”科目。

应付职工薪酬：

对于应发工资的计提和发放，应计入“应付职工薪酬”科目。

会计分录示例（以社保公积金扣款为例）：

计提工资时：

借：管理费用——工资——职工工资

贷：应付职工薪酬——工资

其他应付款——养老保险——基本养老金（个人承担部分）

其他应付款——养老保险——补充养老金（个人承担部分）

其他应付款——医疗保险（个人承担部分）

其他应付款——失业保险（个人承担部分）

```

实际发放工资时：

```

借：应付职工薪酬

贷：其他应收款——代付社保费（在代交时做借：其他应收款）

营业外收入（缺勤扣款）

库存现金/银行存款（实发数）