当企业遇到存货毁坏的情况时，应当遵循以下步骤进行处理：

及时报告

一旦发现存货毁坏，应立即报告给管理层，并启动相应的应急处理程序。

核算损失

将毁损的存货作为待处理财产损溢进行核算。

根据毁损原因，可能需要扣除残料价值、保险赔偿和过失人赔偿。

进项税额转出

如果毁损是由于管理不善等原因，可能需要做进项税额转出的处理。

会计处理

根据毁损原因和具体情况，进行相应的会计分录处理。

对于自然灾害等非常原因造成的毁损，净损失可能计入营业外支出。

对于计量收发差错和管理不善等原因造成的毁损，净损失可能计入管理费用。

税务处理