考勤扣款应计入应付职工薪酬科目。具体的会计分录做法如下：

1. 当企业确定需要扣除员工的考勤款项时，会计分录为：

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借：应付职工薪酬

贷：其他应收款

```

2. 当实际发放工资时，进行扣款操作，会计分录为：

```

借：其他应收款

贷：应付职工薪酬

```

以上会计分录反映了企业根据规定对员工进行的考勤扣款操作，并确保了账目的准确无误。