当消费者在饭店就餐时发现食品中有苍蝇，根据《食品安全法》和《消费者权益保护法》，消费者有权要求饭店进行赔偿。以下是赔偿的几种方式：

赔偿实际损失：

消费者可以要求饭店赔偿因食用问题食品而遭受的损失，如医疗费（如果因食用导致身体不适就医）、误工费等。

价款赔偿：

消费者可以要求饭店支付食品价款十倍或者损失三倍的赔偿金。如果计算出的赔偿金额不足一千元，则按一千元计算。

协商解决：

消费者可以首先尝试与饭店负责人进行协商，出示证据，要求按照法律规定进行赔偿。

投诉举报：

如果协商无果，消费者可以向当地食品药品监督管理部门、消费者协会等进行投诉，并提供证据材料。

法律诉讼：

如果通过协商和投诉都无法得到妥善解决，消费者可以考虑向法院提起诉讼，由专业律师代理，争取应得的赔偿。

请注意，赔偿的具体金额和方式可能会受到案件具体情况的影响，包括消费者的实际损失、饭店的态度和协商结果等。