超建房屋的补偿方法取决于具体情况，包括超建面积、当地规定和规划等因素。以下是一些可能的处理方式：

补交土地补偿金

如果超建面积在批准面积的3%以内，可能需要补交一定的土地补偿金。

拆除

如果超占面积过多，政府可能有权要求拆除超建部分。

宅田相抵

采用宅田相抵政策，即用耕地补偿宅基地多占部分，以保持土地总量的平衡。

缴费补偿

与村集体协商一致后，通过缴费的方式补偿超建面积，并获得上级部门的批准以保留宅基地使用权。

村民自治协商

由村集体共同商定处理方案，然后上报上级部门审批。

土地权利证标注

在土地登记簿和土地权利证上标明超出的面积，并在未来重建时按规定面积标准重新确定使用权。

其他可能的补偿方式

对于给其他建筑造成的影响，如阳光照射、通风和景观等，可以通过罚款用于修建公共设施或改善周边环境。

处理超建问题时，应综合考虑规划、土地、环保等方面的要求，以维护城市的整体利益为出发点。同时，应确保处理方式合理，避免出现争议和不公平的情况。