减免水利基金的入账处理取决于减免的具体情况：

全部减免

如果水利基金被全部减免，企业不需要做计提分录。

部分减免

如果减免后仍有部分水利基金需要缴纳，企业应根据实际需要缴纳的金额做计提分录。

计提时：借：税金及附加，贷：应交税费—水利建设基金。

缴纳时：借：应交税费—水利建设基金，贷：银行存款。

减免后不需要缴纳

如果减免后不需要缴纳水利基金，企业也不需要做任何账务处理。

请根据您的具体情况选择合适的会计处理方法。