运输车间发生的运输费用应该计入 制造费用科目中。制造费用是指企业为生产产品和提供劳务而发生的各项间接费用，包括车间管理人员工资、折旧费、办公费、水电费、机物料消耗、劳动保护费、季节性和修理期间的停工损失等。

具体地，如果运输费用是由销售部门产生的，那么应该计入销售费用科目；而如果是车间内部为生产产品或提供劳务而发生的运输费用，则应该计入制造费用科目，并通过制造费用科目进行归集，最终转入到产品成本中。

因此，对于运输车间而言，其发生的运输费用应当计入制造费用科目，以正确反映企业的生产成本和费用结构。