代付运费通常应计入应付账款或其他应付款科目。具体会计分录如下：

1. 当企业为其他单位或个人代垫运费时：

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借：其他应付款—代垫运费

贷：银行存款

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2. 当收回代垫的运费时：

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借：银行存款

贷：其他应付款—代垫运费

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请根据具体情况选择相应的会计科目进行核算。需要注意的是，代垫运费在账务处理时要准确反映企业的财务状况，并确保会计记录的及时性和准确性