海关征收的税种主要包括：

进出口关税：

对准许进出口的货物和进出境物品征收。

进口环节的增值税：

对进口货物征收的增值税。

消费税：

对进口的应税消费品征收的消费税。

船舶吨税：

对自境外港口进入境内港口的船舶征收的税。

海关在征收上述税种时，需要依法制发缴款凭证，确保税收的合法缴纳和征收。