跨区汇总核算企业所得税通常遵循以下步骤：

划分应纳税所得额

总机构与分支机构按照一定比例（如50%）分摊应纳税所得额。

计算分摊比例

总机构根据分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额等因素计算各分支机构的分摊比例。

营业收入、职工薪酬和资产总额的权重分别为0.35、0.35和0.30。

计算总应纳税额

总机构应纳税额 = 总机构分摊应纳税所得额 × 总机构适用税率。

各分支机构应纳税额 = 分支机构分摊应纳税所得额合计数 × 各分支机构分摊比例 × 适用税率。

征收管理与汇算清缴

总机构与分支机构需要按照规定的比例计算出应纳企业所得税额后，就地预缴。

年终由总机构汇总计算应缴应退税额，再按照规定比例在总机构和分支机构间分摊应缴应退税额。

特殊情况处理

如果存在不同地区的税率，纳税人可以有一定的筹划空间。

二级及以下分支机构在某些条件下可能无需分摊缴纳企业所得税。

请注意，以上步骤和规定可能会随着相关法规的更新而变化，因此建议参考最新的税法规定或咨询专业税务顾问以获得准确信息