化肥企业在运营过程中需要交纳的主要税种包括增值税、城建税、教育费附加、房产税等。以下是具体的税率和优惠政策：

增值税

一般纳税人销售化肥，适用税率为13%。

小规模纳税人销售化肥，按简易计税办法，征收率为3%。

批发和零售化肥免征增值税。

企业所得税

化肥企业的所得税通常按25%的税率征收。

在某些特定条件下，如设在西部地区的化肥企业，如果主营业务收入超过总收入70%，则可能享受15%的优惠税率。

其他税费

城建税、教育费附加等根据地方政策缴纳。

可能还需要缴纳房产税等其他税费。

请注意，税收政策可能会有更新和变动，具体情况建议咨询当地税务部门或专业税务顾问以获得最准确的信息