研发部门需要存档的文件主要包括以下几类：

项目管理文件

自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业立项决议文件。

专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单。

经科技行政主管部门登记的合同。

费用分配说明

研发活动人员和相关仪器、设备、无形资产费用分配说明。

财务文件

集中研发项目研发费决算表、费用分摊明细情况表和实际分享比例等资料。

“研发支出”辅助账及汇总表。

研发活动记录

重要原始记录和数据、论文清单、成果申报材料、审批材料等。

其他相关资料

科技档案由课题负责人按时立卷归档，包括审批文件、任务书、委托书、开题报告书、设计方案、协议书、合同书等。

获奖的科研课题相关资料，如获奖证书复印件等。

会议和讨论记录

非项目会议的会议记录、非项目开发的传真资料、工程图纸等。

研发支出辅助账

《研发费用加计扣除优惠明细表》（A107012）和相关政策规定的其他资料。

科技成果档案

包括科研课题、试制产品、工程或其他技术项目完成或告一段落后形成的科技文件材料。

其他特定文件

如果企业已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查。

以上文件应根据企业的具体情况和当地税务机关的规定进行存档。