企业可以在计算应纳税所得额时扣除的费用主要包括：

员工薪酬及福利费用

工资、奖金、津贴、补贴等。

员工缴纳的社会保险费、住房公积金等福利支出。

生产经营相关费用

原材料采购费、运输费、租金等。

差旅费、广告宣传费、员工培训费、设备维护费等。

借款利息及财务费用

银行贷款利息和其他借款利息，需用于生产经营。

广告及宣传费用

广告费用总额的一定比例（如15%）可以在税前扣除，超出部分可逐年摊销扣除。

研发费用

研发活动产生的费用可以享受加计扣除政策，例如按照1.5倍标准扣除。

其他允许扣除的费用

业务招待费（有一定比例限制，如销售收入的0.5%以内）。