扣除3%通常意味着从某个总额中减去这个总额的3%。具体的计算方法是：

```

扣除额 = 总额 × 3%

剩余金额 = 总额 - 扣除额

```

例如，如果您想从100万元中扣除3%的费用，计算如下：

```

扣除额 = 100万 × 3% = 3万

剩余金额 = 100万 - 3万 = 97万

```

所以，100万元扣除3%的费用后，剩余97万元