银行扣短信费应该计入财务费用科目。具体的会计分录如下：

支付银行短信费时：

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借：财务费用-金融机构手续费

贷：银行存款

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月末结转费用时：

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借：本年利润

贷：财务费用-金融机构手续费

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短信服务费是企业为获得银行提供的短信通知服务而支付的费用，属于与银行业务相关的支出，因此应计入财务费用科目