存货亏损的核算通常遵循以下步骤和原则：

盘点存货

确定实际库存量，通常通过内部盘点获得。

对比账面库存

将实际库存量与账面库存量进行对比，找出差异。

调查原因

确定造成存货亏损的具体原因，如损耗、遗失、盗窃等。

账务处理

根据原因不同，进行相应的会计分录处理。

正常损耗：

如保管中发生的定额内合理损耗，计入管理费用。

非正常损失：

如自然灾害、管理不善等，根据具体情况可能计入管理费用、营业外支出或其他应收款。

盘亏原因调查：

如果是管理不善导致的，可能涉及进项税额转出。

如果是自然灾害等非正常原因，可能涉及营业外支出。