员工的伙食补助应计入应付职工薪酬科目。具体来说：

1. 如果伙食补助是作为福利费用进行计提，则应借记相关成本或费用科目（如生产成本、制造费用、管理费用、销售费用等），贷记应付职工薪酬——福利费科目。

2. 实际支付伙食补助时，借记应付职工薪酬——福利费科目，贷记银行存款科目。

3. 如果伙食补助是以现金形式直接发放，需要与当月工资合并计算并缴纳个人所得税。

请注意，根据最新的会计准则，企业应当根据具体情况合理处理伙食补助的会计事项，并确保符合相关税法规定