对于已认证但未抵扣的进项税额，在填写增值税纳税申报表时，应该按照以下步骤进行：

1. 在增值税纳税申报表附表二的第26栏“本期认证相符且本期未申报抵扣”中填写相应的进项税额。

2. 如果存在特殊情况，如不动产购入等，可能需要在其他栏目进行说明。

3. 如果进项税额形成了留抵税额，根据税法规定，这部分税额是暂时不允许抵扣的。

4. 如果需要开具红字发票来冲减销售收入，可以填写《开具红字增值税专用发票申请单》，并经过主管国税机关审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。

请确保按照最新的税法规定和申报要求来填写申报表格，以保证信息的准确性和合规性。