运输公司的进项发票主要包括以下几种类型：

加油费发票：

运输过程中购买燃油时开具的发票，用于报销燃油费用。

通行费发票：

支付的过路费和停车费等费用的发票。

维修保养发票：

车辆定期维护和保养时开具的发票，用于报销维修费用。

车辆购置发票：

购买新车或二手车时从汽车销售商那里获取的发票。

租赁费发票：

租赁仓库、停车场等场地的租赁费用发票。

培训费发票：

公司为员工进行专业培训的费用发票。

办公用品发票：

办公运营时购买的办公用品、办公设备等费用产生的发票。

保险费发票：

为车辆和货物购买保险后获得的保险费发票。

其他相关费用发票：

可能包括住宿费、通讯费等与运营相关的合理费用。

增值税进项发票需要在税务机关的认证系统进行认证，认证通过后才能用于抵扣销项税额。