代理商在支付佣金时，通常需要缴纳以下几种税：

增值税

对于提供的服务，如代理销售货物、代办进出口、介绍服务等，根据《销售服务、无形资产、不动产注释》规定，应按3%的征收率计算缴纳增值税。

营业税 （营改增后不再适用）：

在营改增政策实施之前，代理业务按5%的税率征收营业税。

城市维护建设税

根据纳税人所在地的不同，税率可能为7%、5%或1%。

教育费附加

通常按照增值税的一定比例征收，如3%。

地方教育附加

通常按照增值税的一定比例征收，如2%。

个人所得税

个人代理人的佣金收入需先减去相关费用（如20%的费用、展业成本等），再扣除地方税费附加及展业成本后，按照规定计算个人所得税。

企业所得税

企业支付佣金属于商业活动支出，可以在计算应纳税所得额时从总收入中扣除，用以计算企业所得税。

请注意，税率和计算方法可能会根据最新的税法规定和实施细则有所变化，建议咨询专业的税务顾问或当地税务机关以获取最准确的信息