物流公司主要涉及的税费包括增值税、所得税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税等。下面我将根据最新的信息对这些税种的计算方法进行说明：

增值税

一般纳税人：提供运输服务适用的税率为9%，物流辅助服务（如仓储、配送、装卸搬运等）适用的税率为6%。

小规模纳税人：通常按季度申报，季度销售额不超过30万元免征增值税，超过则需按规定缴纳增值税，征收率为3%。

销项税额：计算公式为 `销项税额 = 价税合计金额 / （1 + 税率） * 税率`。

进项税额：可以抵扣的进项税额计算公式为 `进项税额 = 价税合计金额 / （1 + 扣除率） * 扣除率`。

所得税

查账征收：计算公式为 `应纳税所得额 = 收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除金额 - 允许弥补的以前年度亏损`。

核定征收：采用应税所得率方式核定征收企业所得税，计算公式为 `应纳税额 = 应纳税所得额 * 适用税率`。

城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加

城市维护建设税：以实际缴纳的增值税为计税依据，税率根据物流公司所在地不同有所区别，市区为7%，县城、镇为5%，不在市区、县城或镇的为1%。

教育费附加：以实际缴纳的增值税为计费依据，征收率为3%。

地方教育附加：同样以实际缴纳的增值税为计费依据，征收率为2%。

印花税

货物运输合同：按运输费用万分之五贴花。

仓储保管合同：按仓储保管费用千分之一贴花。

营业帐簿：按实收资本和资本公积的合计金额万分之五贴花。

权利、许可证照：包括政府部门发给的房屋产权证、工商营业执照、商标注册证、专利证、土地使用证等，其他帐簿按件贴花五元。

个人所得税

对于独资或合伙企业，需交个人所得税，按实际的应税所得和适用税率来计算。

对于公司制企业，需交纳企业所得税，这个也是按实际应税所得来计算。

请注意，税法的具体规定可能会随时间和政策的变化而变化，因此建议在实际操作中咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取最准确的信息