食品企业在运营过程中需要缴纳的税种主要包括：

增值税

一般纳税人适用税率为17%。

小规模纳税人适用税率为3%。

企业所得税

税率为25%。

城市维护建设税和教育费附加

城建税：根据企业所在地的不同，税率通常为增值税税款的7%、5%或1%。

教育费附加：通常为增值税税款的3%。

地方教育费附加：通常为增值税税款的2%。

房产税和土地使用税

根据实际占用的土地面积和房产价值缴纳。

个人所得税

对员工工资薪金所得征收。

印花税

根据签订的合同类型和金额缴纳，例如购销合同按购销金额的万分之三缴纳。

请注意，税率可能会根据政策调整有所变化，具体情况需要根据最新的税法规定和当地税务机关的规定来确定。