根据最新的税法规定，企业出售种子的税务处理如下：

增值税

种子销售适用税率为9%。

批发和零售种子免征增值税。

企业所得税

种子公司直接为农业生产提供的技术服务或劳务收入，如技术推广、良种供应等，可暂免征企业所得税。

从事农作物新品种选育、中药材种植等项目所得免征企业所得税。

种子公司销售自产农业产品，如繁育并加工后销售的种子，属于农业生产者销售自产农业产品，可免征增值税。

请注意，税法规定可能会有更新，具体情况建议咨询主管税务机关以获得最准确的指导