企业在2016年需要缴纳的税种主要包括：

增值税：

根据企业的销售额或服务收入征收的流转税。

企业所得税：

根据企业的所得额征收的税。

个人所得税：

针对企业员工的工资、薪金所得征收的税。

营业税：

针对企业的营业额征收的税，已在许多国家和地区被增值税取代。

城市维护建设税：

根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。

教育费附加：

根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。

地方教育附加：

根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。

房产税：

针对企业拥有的房产征收的税。

城镇土地使用税：

针对企业使用的城镇土地征收的税。

车船税：

针对企业拥有的车船征收的税。