当企业遇到存货盘亏的情况时，税费计算主要涉及增值税和企业所得税两个方面：

增值税方面：

进项税额转出

如果存货盘亏是由于管理不善等原因造成的，其进项税额不得从销项税额中抵扣，需要进行转出处理。

计算公式为：盘亏存货的购进价格 × 对应的增值税税率。

会计处理通常为借记“应交税费-应交增值税（进项税额转出）”，贷记“主营业务成本”或“其他业务成本”。

非正常损失

如果存货盘亏属于非正常损失（如被盗、丢失、霉烂变质等），相应的进项税额同样不得抵扣，并需转出。

企业所得税方面：

税前扣除损失金额

根据《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕57号），存货盘亏损失在计算应纳税所得额时可以扣除。

扣除金额为存货账面成本减去责任人赔偿和保险赔款后的余额。

资料留存

需要留存存货计税成本确定依据、企业内部责任认定、责任人赔偿说明、内部核批文件、存货盘点表和存货保管人说明等相关证据材料。

注意事项：

“账面净值”或“成本”指的是计税基础，与会计上确认的账面价值可能存在差异。