小规模纳税人在季度申报时需要缴纳的税种主要包括：

增值税：

小规模纳税人通常按简易征收办法缴纳增值税，税率一般为3%。

城市维护建设税：

随增值税一起征收的附加税。

教育费附加：

随增值税一起征收的附加税。

地方教育费附加：

随增值税一起征收的附加税。

个人所得税：

小规模纳税人的个人所得税是按月申报的，但在季度申报时也需要汇总申报。

印花税：

根据企业实际情况申报，即使没有签订书面合同，某些交易行为也可能涉及印花税。

企业所得税：

小规模纳税人需要按季度进行企业所得税的预缴，并在年度结束时进行汇算清缴。

其他可能的税种：

根据企业的实际情况，可能还需要申报其他如房产税、土地使用税等地方税种。

请注意，具体的申报税种和流程可能会根据当地税务机关的规定有所不同，建议咨询当地税务机关或通过“网上税务局”获取最新信息