总包企业在扣交义务方面主要包括以下几点：

工程质量责任

总包企业必须对工程质量负责。

安全生产责任

总包企业对工程项目的安全生产负有责任。

进度管理责任

总包企业负责工程项目的进度管理。

成本控制和管理

总包企业应对工程项目的成本进行控制和管理。

税务责任

总包企业在付给分包人工程价款时，必须将分包人应缴纳的税款扣除。

总包企业可能承担代扣代缴个人所得税的义务，除非合同中另有约定。

劳动用工和工资发放监督

总包企业对分包单位的劳动用工和工资发放等情况负有监督与连带责任。

总包企业可能负责代为发放分包单位的农民工工资。

社会保险和公积金责任