旅行社在运营过程中可以入以下费用：

1. 直接成本：

机票

酒店

交通费（如大巴、火车、飞机等）

导游服务费

2. 间接成本：

市场营销费用（如广告费、宣传费等）

行政费用（如办公租金、水电费、行政人员薪酬等）

员工薪酬（需注意，员工的日常开销不能直接计入成本）

3. 税费：

营业税

所得税

其他相关税费

4. 其他费用：

租金（如旅行社门店租金）

设备折旧

5. 特定费用：

旅游服务质量保证金

旅游保险费用

考察费

综合服务费（包括大交通费、导游费、酒店住宿费、车费、餐费、景点门票费、宣传费等）

6. 其他可能的开票项目：

团款

代定租车费

代订机票款

请注意，旅行社在开具发票和入账时，必须遵守相关税法规定，并确保所有费用合理且与提供旅游服务直接相关