小规模纳税人在开具发票时需要交纳的税种主要包括：

增值税

通常征收率为3%，但根据政策，月销售额或营业额在一定额度内可以免征增值税。

对于开具的专用发票，可能需要按照1%或3%的税率缴纳增值税。

附加税

城建税：基于增值税计算，市区税率为7%，县城、镇、大中型工矿企业所在地不在县城、镇的税率为5%，其他地区为1%。

教育费附加：基于增值税计算，税率为3%。

地方教育费附加：基于增值税计算，税率为2%。

印花税

根据签订的购销合同金额，按照合同金额的万分之三缴纳印花税。

企业所得税

对于盈利的小规模纳税人公司，需要按照企业所得税法规定缴纳企业所得税。

基本税率为25%，但对于符合条件的小微企业，如利润在300万以内，税率可能为5%。

其他税种