会计在离职时应该采取以下措施来保留证据：

书面辞职

通过快递或挂号信的形式向用人单位发送书面辞职通知，并保存好快递详情单或挂号信的收据。

保留辞职书的复印件。

工资和离职手续

确保在辞职到期后，用人单位支付了所有应付的工资，并为其办理了离职手续。

合同和文件

保留所有与工作相关的合同、协议和其他文件的原件，如劳动合同、保密协议等。

财务记录

保留所有与财务相关的记录，包括工资单、银行转账记录、发票、收据等。

电子证据

保存电子邮件、电子表格、数据库等电子形式的证据。

其他证据

如有必要，可以采取录音录像的方式保留证据。

诉讼时效

在诉讼时效届满前及时催讨债务或提起诉讼，以保证诉讼时效的连续性。

法律咨询

如果有任何疑问或需要进一步的指导，可以咨询法律专业人士。

以上措施可以帮助会计在离职过程中有效地保留证据，以备不时之需。