民办非企业单位需要缴纳的税种主要包括：

企业所得税：

根据企业的利润额进行计税。

增值税：

对于提供的服务或销售的产品，如果涉及应税行为，需要缴纳增值税。

个人所得税：

员工工资、薪金等收入达到纳税标准时，需要缴纳个人所得税。

印花税：

在特定经济活动如签订合同、产权转移等情况下需要缴纳。

城建税：

根据缴纳的增值税或营业税的一定比例缴纳。

教育费附加：

按缴纳的营业税的一定比例缴纳。

地方教育费附加：

按缴纳的营业税的一定比例缴纳。

水利基金：

按缴纳的营业税的一定比例缴纳。

土地使用税：

根据土地面积和等级缴纳。

房产税：

根据房产原值和扣除比例缴纳。

车船使用税：

根据车船种类和数量缴纳。