当发票上注明了折扣金额时，入账处理应遵循以下规则：

销售方

如果折扣仅针对单项商品，按折扣后的交易价格入账。

如果折扣针对多项商品，需按商品售价分摊交易价格。

折扣额作为销售折扣直接冲减收入、销项税和应收账款。

会计分录示例：

```

借：银行存款/应收账款 （折扣后金额）

贷：主营业务收入

应交税费-应交增值税（销项税）

```

购买方

如果折扣为本次采购业务发生的，按折扣后的金额确认采购成本。

如果折扣为以前的销售返利政策兑现，直接冲抵本次订单金额。

会计分录示例：

```

借：库存商品/原材料 （折扣后金额）

应交税费-应交增值税（进项税）

贷：应付账款

```

请注意，增值税发票上的折扣应以实际扣除折扣额后的金额记入营业收入，并且折扣额应反映在“应交税费-应交增值税（销项税额）”科目中。