制造企业在运营过程中需要交纳的主要税种包括：

增值税：

根据企业的销售额或营业额，按照一定的税率计算缴纳。

企业所得税：

根据企业的年度利润，按照规定的税率缴纳。

消费税：

针对特定消费品征收，如高档消费品、烟草、酒类等。

城市建设维护税：

根据企业的销售额或营业额的一定比例缴纳，支持城市基础设施建设。

印花税：

涉及合同、账本、产权转移书据等，按照一定比例或金额缴纳。

个人所得税：

企业发放工资时代扣代缴员工的个人所得税。

房产税：

根据企业自有房产的原值或租金收入缴纳。

土地使用税：

根据企业占用的土地面积缴纳。

其他地方性规费：

如教育费附加、社保费等。

企业应根据自身业务情况和当地税法规定，选择适用的税种，并及时准确地完成纳税申报。需要注意的是，税率和具体征收办法可能会根据国家政策调整和地方政府的具体规定有所变化，因此建议咨询当地税务部门获取最新信息