公司帮助员工缴纳个人所得税是根据员工的工资薪金所得来计算的。以下是计算的基本步骤和要点：

确定个税起征点：

目前个税起征点为每月5000元人民币。

计算应纳税所得额：

应纳税所得额 = 应发工资 - “五险一金” - 个税起征点。

应用超额累进税率：

根据应纳税所得额，查找适用的税率和速算扣除数。

计算应缴税款：

应缴税款 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。

计算实发工资：

实发工资 = 应发工资 - “五险一金” - 应缴税款。

举个例子，如果一个员工的应发工资为10000元，扣除“五险一金”后，假设“五险一金”为2000元，那么应纳税所得额为8000元。根据税率表，8000元属于第2级，税率为10%，速算扣除数为210元，则应缴税款为（8000元 × 10% - 210元）= 590元。实发工资为10000元 - 2000元 - 590元 = 7410元。

请注意，税法可能会有更新，具体计算时应参考最新的税法规定和相关政策。