当员工从公司借款后，在工资中扣除借款的会计处理如下：

借款时

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借：其他应收款 贷：库存现金

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这表示公司收到了员工的借款，并存入了库存现金。

工资中扣除借款时

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借：应付工资 贷：其他应收款

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这表示公司承认了应付给员工的工资，并减少了其他应收款的余额，即冲减了之前借出的款项。