当发票金额少于实际付款金额时，会计处理通常有以下几种情况：

以实际发票金额入账

当发票金额少于实际付款金额时，应以发票上载明的金额进行入账处理。

差额部分可以暂时挂账为往来科目，待收到补开发票后再进行冲减。

补开发票

如果能够补回发票，则按照实际金额进行账务处理，并将之前挂账的差额部分冲减。

无法补开发票

如果无法补回发票，差额部分可能无法处理，只能暂时挂账为往来科目。

在未来，如果确定这部分款项无法收回，则可能作为坏账准备进行处理。

暂估入库

对于货物或服务的采购，如果暂时没有取得发票，可以采用暂估入库的方法。

待取得完整发票后，再进行更正处理。

会计分录示例

购货时，如果发票金额少于实际付款金额，会计分录可能如下：

```

借：库存商品

贷：预付账款

```

收到发票后，如果发票金额少于预付账款，则会计分录可能如下：

```

借：应付账款

贷：银行存款

```

请根据具体情况选择合适的会计处理方法。