支付进度款的入账处理通常遵循以下步骤：

确认支付对象和金额

确定支付给哪个承包方或供应商，以及支付的金额。

根据款项是否已结算

如果款项已经办理结算，则直接计入应付账款。

如果款项尚未办理结算，可以先将款项计入预付账款，待实际结算后转入应付账款。

会计分录

对于已结算款项：

```

借：应付账款—应付分包款（扣除代扣税款）

贷：银行存款

```

对于未结算款项：

```

借：预付账款

贷：银行存款

```

税务处理

根据税法规定，可能需要预交增值税。

工程竣工结算时，计算应交增值税。

如有补缴情况，进行相应的会计处理。

其他费用

在建工程期间发生的管理费、征地费、可行性研究费、临时设施费、监理费、公证费及应负担的税费等，可借记“在建工程（待摊支出）”科目。

在建工程完工

将“在建工程”账户中的金额转入固定资产账户中。

同时，将应付账款转入应付账款账户中。

请根据具体情况选择合适的会计分录，并确保遵守相关税法规定。