当企业遇到发票金额与实际支付金额不符的情况时，账务处理通常如下：

1. 如果实际支付金额大于发票金额：

收到发票时，按发票金额入账。

实际支付多余金额时，将差额计入预付账款或应付账款的借方。

如果后续还有业务往来，且需要补开发票，则将差额记为预付账款或应付账款的借方，待收到退款时再记为贷方。

2. 如果实际支付金额小于发票金额：

收到发票时，按实际支付金额入账。

多出的金额可以记为应收账款或应付账款的贷方。

如果后续还有业务往来，且需要补开发票，则将差额记为应收账款或应付账款的贷方，待收到退款时再记为借方。

3. 如果差额是由于业务取消或对方无法开具发票：

如果业务取消，差额可能会计入营业外支出。

如果对方无法开具发票，可能需要对方提供注销证明，然后按有票方式（如普通发票）入账。

4. 对于差额征税的发票：

根据发票上的不含税金额和增值税金额入账。

增值税专用发票的税额计入应交税费-应交增值税-进项税额科目，不含税金额计入成本费用。