当企业发生存货盘亏时，其税务处理如下：

增值税处理

如果存货盘亏是由于管理不善造成的（如被盗、丢失、霉烂变质等），则相应的进项税额不得从销项税额中抵扣，需要做转出处理。

一般纳税人在《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》附表二第16栏“非正常损失”中填列需转出的进项税额。

企业所得税处理

企业盘亏的存货应根据规定程序申报资产损失，并填报A105000明细表，同时留存相关资料备查。

税前扣除损失金额的计算根据《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕57号）第七条规定，以存货的账面成本减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，作为盘亏损失在计算应纳税所得额时扣除。

会计分录示例：

管理不善导致的盘亏：

```

借：待处理财产损溢

贷：原材料

借：管理费用

贷：待处理财产损溢

贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出）

```

自然灾害导致的盘亏：

```

借：待处理财产损溢

贷：原材料

借：营业外支出

贷：待处理财产损溢

```

请注意，税法规定可能会有更新，具体操作时应参照最新的税法规定和地方税务机关的具体指导