根据最新的税法规定，增值税一般纳税人支付给运输企业的费用，可以抵扣的进项税额计算方式如下：

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可抵扣进项税额 = 运输费用总额 × 11%

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其中，运输费用总额应包含企业在运输过程中支付的所有费用，如燃油费、车辆维修费、人力成本、保险费和其他相关费用。

请注意，这个计算方式适用于一般纳税人，并且需要运输企业开具的增值税专用发票作为抵扣凭证。