抵扣水利基金的步骤通常包括：

准备相关凭证

在申报水利基金时，需要准备预交水利基金的凭证，如银行转账记录、收据等，以证明已经预交的金额。

计提水利基金

账务处理为：借：税金及附加，贷：应交税费—水利基金。

缴纳水利基金

账务处理为：借：应交税费—水利基金，贷：银行存款。

减免水利基金

如果符合减免条件，需要按减免后的实际应缴金额做分录。

如果减免后不需要缴纳，则不需要做任何分录。

请根据您的具体情况，按照上述步骤进行水利基金的抵扣操作。