对于新厂房在建工程的抵扣，根据相关税法规定，增值税一般纳税人购买厂房时，可以抵扣增值税进项税额。以下是抵扣流程的简要说明：

取得增值税专用发票

当企业购买厂房时，应取得由销售方开具的增值税专用发票。

发票上注明的税额即为可抵扣的进项税额。

进项税额的认证和抵扣

将发票信息输入金税盘或税控盘，通过勾选平台进行认证。

认证后，根据《不动产进项税额分期抵扣暂行办法》，新建厂房的材料进项税额分两年从销项税额中抵扣。

第一年抵扣比例为60%，第二年抵扣比例为40%。

固定资产折旧抵税

将厂房作为固定资产，计提的折旧可以在企业所得税税前扣除，从而抵税。

折旧额通常按照固定资产的原值、预计残值率和分类年折旧率计算。

注意事项

确保取得合法有效的增值税专用发票，且发票内容与实际交易相符。

遵守国家相关税收法律法规，确保抵扣的合法性。

以上信息基于最新的税法规定，具体操作可能因地区和企业性质有所不同。建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获得最准确的指导