土地差额扣除是指企业在转让土地使用权时，根据土地增值收益计算应纳税额的一种方法。具体操作如下：

确定转让所得额

转让价格减去取得土地使用权所支付的金额。

计算土地增值收益

增值额 = 转让所得额 - 取得土地使用权支付金额。

计算增值率

增值率 = 增值额 ÷ 取得土地使用权支付金额 × 100%。

确定适用税率

根据增值率的不同，适用不同的税率。

计算应纳税额

应纳税额 = 增值额 × 适用税率。

此外，在会计处理上，房地产企业发生土地价款差额征税时，抵减的销项税额应计入借方“应交税费—应交增值税（销项税额抵减）”，同时贷方冲减“主营业务成本”。

请注意，上述信息基于发布时间较近的规定，具体操作可能因地区、时间以及具体政策而有所不同。建议咨询当地税务部门或专业税务顾问以获得最准确的信息