核定农产品扣除的方法主要包括以下几种：

投入产出法

使用国家标准或行业标准确定单位货物耗用农产品的数量（农产品单耗数量）。

计算公式为：

```

当期允许抵扣农产品增值税进项税额 = 当期农产品耗用数量 × 农产品平均购买单价 × 扣除率 / （1 + 扣除率）

```

成本法

根据年度会计核算资料，计算出耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（农产品耗用率）。

计算公式为：

```

当期允许抵扣农产品增值税进项税额 = 当期主营业务成本 × 农产品耗用率 × 扣除率 / （1 + 扣除率）

```

参照法

对于新办纳税人或新增产品，可参照同行业或生产结构相近的其他纳税人确定农产品单耗数量或耗用率。

直接销售农产品的核定扣除

计算公式为：

```

当期允许抵扣农产品增值税进项税额 = 当期销售农产品数量 / （1 - 损耗率） × 农产品平均购买单价 × 13% / （1 + 13%）

```

用于生产经营且不构成货物实体的农产品核定扣除

计算公式为：

```

当期允许抵扣农产品增值税进项税额 = 当期耗用农产品数量 × 农产品平均购买单价 × 13% / （1 + 13%）

```

注意事项：

农产品耗用率由纳税人向主管税务机关申请核定。

纳税人应准确计算当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，并在申报时提交相关资料。

税务机关会定期监管纳税人的农产品增值税进项税额计算扣除情况，并可能进行纳税评估。

以上信息基于最新的法规更新，具体操作时应以最新的税务规定为准。