企业在辅导期的纳税流程通常包括以下几个步骤：

税务登记

办理税务登记，领取辅导期纳税人认定证明。

预缴增值税

根据实际经营情况预缴增值税。

辅导期结束后，根据实际情况计算税额并缴税。

领购和使用专用发票

辅导期一般纳税人在增量领购增值税专用发票时，需要预缴一定比例的增值税额。

填写和提交纳税申报表

辅导期结束后，根据实际经营情况填写《增值税纳税申报表附列资料（表二）》，并在规定时间内提交。

电子税务局申报

通过电子税务局进行申报，上传申报盘文件，系统将自动生成增值税一般纳税人申报表供纳税人检查和确认。

确认式申报模式

在新电子税务局系统中，系统会根据开票数据等进行部分数据自动预填，纳税人需要对税款所属期、预填的数据以及税（费）结果进行确认。