在处理甲供材料（即由甲方提供的材料）的发票开具时，应遵循以下步骤：

签订合同

甲方与施工单位签订甲供材协议，明确材料种类、规格、数量、价格等基本信息。

材料验收

施工单位在材料进场后，对材料进行验收，确认材料符合协议要求。

开具收货确认单

施工单位根据验收结果，向甲方开具甲供材收货确认单。

开具增值税专用发票

甲方根据收货确认单，向施工单位开具增值税专用发票。

发票抬头填写施工单位名称，发票内容为“甲供材料”。

发票金额为甲供材协议中约定的材料总价。

入账管理

施工单位收到发票后，将其作为工程款项支付凭证，进行入账管理。

税务处理

根据《营业税暂行条例实施细则》，税务机关要求按照包含甲供材料的工程总价缴纳营业税。

税务机关并没有明确规定甲供材料如何开具发票和进行账务处理，但企业可以根据实际情况开具发票和进行账务处理。

如果材料在采购环节开具的是施工企业名称，可能不满足甲供材简易计税的条件，导致税务风险。

发票存档

甲方需要将收到的发票存档备查，并按照税务部门的要求进行归档管理。

甲方也需要将发票信息及时录入自己的财务系统，以便进行财务管理和报税。

请确保在开具发票和进行账务处理时遵守税法规定，并与甲方保持良好的沟通，确保流程顺利进行。