自营工程的结算方式通常遵循以下步骤和原则：

合同条款

结算方式应在工程合同中明确规定。

若合同无明确规定，可参照财政部发布的《建设工程价款结算暂行办法》。

结算流程

承包商提出付款申请，填报月报表。

工程师审核月报表，修正不合理部分，计算净付款金额。

业主根据工程师签发的付款证书，按合同规定支付款项。

结算方式

分段结算：按工程形象进度划分不同阶段进行结算。

竣工后一次结算：适用于规模较小、工期较短的项目。

按月结算：每个月结算一次。

其他约定方式：双方协商确定。

结算资料

合同、变更单、进度款单据、材料涨价凭证等。

验收合格证明、工程师和业主签字盖章的变更文件。

支付方法

直接支付至承包人指定账户，避免纠纷。

支付给承包人的有关人员或特定第三方，需承包人认可。

特殊情况下结算

固定单价合同：可分阶段结算，需功能验收合格。

固定总价合同：可提前结算，根据合同约定办理。

双方协商同意的其他情况。

请注意，以上信息基于发布时间较近的资料，具体操作可能因实际情况和当地法律法规有所不同。建议在实际操作中咨询专业法律顾问或相关专业人士